تقریبا پانزده ماه پس از کودتای 28 مرداد، در سحرگاه 19 آبان سال 1333 دکتر فاطمی اعدام شد. وزیرخارجه
کابینه دکتر مصدق و از بازیگران اصلی نهضت ملی شدن نفت، قادر نبود با پای خویش به محل تیرباران برود،
چرا که به وحشیانهترین شکل مورد ضرب و شتم و شکنجه قرار گرفته بود و پیکر بیمارش هنگام اعدام در تب
40 درجه میسوخت. دو سرباز او را به قتلگاه کشاندند. دکتر فاطمی هنگام مرگ 37 سال بیشتر نداشت. او هنوز
جوانترین وزیر امورخارجه ایران در تاریخ است.
مصدق بعد از مرگ دکتر فاطمی گفت: "اگر ملی شدن نفت خدمت بزرگی است از آن کسی که اول این پیشنهاد
را نمود باید سپاسگزاری کرد و آن کس شهید راه وطن دکتر حسین فاطمی است. در تمام مدت همکاری با این
جانب حتا یک ترک اولی هم از آن بزرگوار دیده نشد
فاطمی سه سال پیشتر در ٢٣ بهمن ١٣٣٠ در مراسم بزرگداشت محمد مسعود نیز مورد اصابت گلوله محمد
مهدی عبدخدایی عضو 16 ساله فدائیان اسلام قرار گرفت. سلاح را صرافان، مأمور سید ضیاء الدین طباطبائی
(سردسته انگلیس گرایان) در اختیار فدائیان اسلام گذاشته بود.(*) آثار این جراحت در بدنش باقی ماند و تا آخر
عمر او را آزار میداد. حتی پس از انتقال به بیمارستان نیز فاطمی دوباره مورد سوء قصد قرار میگیرد. نیمه
شب عدهای وارد اطاق شده مشغول برداشتن پانسمان و پاره كردن بخیههایش می شوند. دکتر فاطمی هنوز در
حالت بیهوشی پس از عمل بود. پرستار مراقب سر میرسد و قاتلان میگریزند. فاطمی بار دیگر تحت عمل
جراحی قرار میگیرد. پس از ترور، هنگامی که فاطمی را غرقه در خون به بیمارستان میبردند. در راه به
همراهانش گفته بود: «دیدید بالاخره انگلیسیها مرا کشتند.» همچنین در نخستین مقالهی که پس از ترور
نافرجامش در باختر امروز نوشت گفت: «این گلولهی اینتلیجنت سرویس بر پایداری و استقامت من صدچندان
افزود و مرا در راه خدمت به میهن عزیزم سرسختتر و آهنینتر و فداکارتر نمود.»
پس از پیروزی کودتا رژیم بیشتر از هرکس به دنبال دكتر فاطمی بود.
چرچیل طی نامه محرمانه ای به تاریخ 30 سپتامبر 1953 از شاه میخواهد حال كه مصدق در كودتا كشته نشده
است از اعدام اوصرف نظر كند، اما در باره دكتر فاطمی چنین مینویسد: برای فاطمی بهترین جواب اعدام است
تا زمانی كه این افراد زنده و در ایران هستند امكان ضد كودتا وجود دارد...
(استخراج از سند شماره اف او371/104584)
سر دنیس رایت سفیر بازگشته انگلیس به تیمور بختیار چنین میگوید: در نخستین فرصت مشتی به دهان او بكوب
تا بداند هیبت امپراطوری بازی كردنی نیست!
شاه در ملاقات با كرومیت روزولت مامور سیا و عامل كودتای 28مرداد جنین میگوید: من تاج وتختم را مدیون
خدا، ملتم، ارتشم و شخص شما هستم...و درباره نحوه برخورد با مصدق و یارانش برای مصدق 3 سال و برای
ریاحی 2 سال زندان در نظر میگیرد و در ادامه چنین میگوید: فقط یك استثنا وجود دارد و او دكتر حسین
فاطمی است... او پس از دستگیری اعدام خواهد شد.
سرگرد مولوی هنگام دستگیری با هفت تیر بر سر دكتر فاطمی میكوبد و با همان لباس منزل او را به نزد
نصیری میبرد. نصیری شروع به بددهنی میكند. دكتر فاطمی در جواب ناسزای نصیری میگوید تیمسار شما
مودبتر صحبت كنید. نصیری در جواب چنان با مشت به صورت او میكوبد كه تمام صورت و لباس فاطمی پر
خون میشود و دماغش میشكند. سرگرد مولوی همان روز به پاس دستگیری فاطمی درجه سرهنگی میگیرد
ولی فحشها هم از بختیار میخورد كه چرا دكتر فاطمی را زنده آورده است. اشرف پهلوی نیز چون ماده
گرازی خشمگین است مصرانه ازتیموربختیار میخواهد كه سریعتر فاطمی را به قتل برساند. او در دفتر تیمور
بختیار اسلحهاش را به سمت سر دكتر فاطمی نشانه میرود و سپس به سقف شلیك میكند كه موجب وحشت
شدید دكتر فاطمی میشود.
بعدتر هنگامی كه دكتر فاطمی را از شهربانی میاورند شعبان بیمخ و دارودسته اوباشاش با هماهنگی تیمور
بختیار پای پلههای شهربانی با چاقو بر سر دكتر میریزند و اگر فداكاری خواهر از جان گذشتهاش خانم سلطنت
فاطمی نبود كار او را همان جا میساختند. اما خواهر از جان گذشته خود را بر روی او میاندازد و در این
مراحم ملوكانه چندین ضربه چاقو نصیب او و چندین ضربه هم نصیب دكترفاطمی میشود. این جراحات حال
دكترفاطمی بیمار را وخیمتر مینماید. این خبر همچنین به تمام جهان مخابره میشود و شاه برای جلوگیری از
افتضاح بیشتر دستور میدهد فاطمی را تا برگزاری دادگاه زنده نگه دارند.
پس از دستگیری دكتر فاطمی جلادان چهره كریه خود را نمایانتر میكنند. در چهارشنبه سوری (23 اسفند
1332) اشرف و علیرضا پهلوی در زندان حضور مییابند و امیر مختار كریمپور شیرازی شاعر و روزنامه
نگار ملی كه از او نیز همچون از فاطمی كینه شدیدی به دل داشتند را به مناسبت چهارشنبه سوری آتش میزنند
و بی نام و نشان در گورستان مسگر آباد دفن میكنند. جلادان پس از این جنایات جشن مجللی در قصر
میگیرند
حكم اعدام دكتر فاطمی قبلا تائید شده بود اما دربار میخواست از او توبه نامهای هم بگیرد و سرهنگ زیبایی او
را به شدت تحت فشار میگذاشت. از جمله اقدامات آنها این بود: هنگامی كه فاطمی میخواست كمی بخوابد
ناگهان سر و صدای شدیدی به راه میانداختند و خواب را بر او حرام میكردند. دكتر فاطمی در این هنگام در
تب میسوخت فشار خون و ضربان قلب بسیار بدی هم داشت و جلادان بجای مداوای او اتاقش را بسیار گرم
میكردند و دكتر فاطمی به شدت عرق میكرد و بعد ناگهان در را باز میكردند و دكتر از سرما میلرزید. اما
فاطمی همانگونه که پیشتر پس از آن ترور نافرجام گفته بود، چون كوه مقاوم و استوار باقی ماند.روز 7 مهر
ماه 1333 دكتر فاطمی را كه از درد به خود میپیچید روی برانكارد به دادگاه نظامی منتقل كردند. وكیل او
سرتیپ قلعهبیگی از دادگاه خواست تا قاضی و دادستان از محل زندان كه نزدیك محل دادگاه هم بود دیدن کرده و
آثار استفراغ خون شب قبل دكتر فاطمی را مشاهده نمایند تا ثابت شود كه محاكمه فاطمی در چنین شرایطی غیر
قانونی است. اما پزشكان خائن سرلشكر دكتر خوشنویسان، سرلشكر دكتر ایادی، سرتیپ دكتر مقبل وسرهنگ
دكتر تدین اعلام نمودند كه او در سلامت است و وكیل او نیز پس از زمان تنفس دیگر به دادگاه بازنگشت. برای
آن كه سریعتر كار تمام شود دادگاه دكتر شایگان و مهندس رضوی را كه حتی تا آن موقع پرونده را ندیده بودند
به عنوان وكیل تسخیریش انتخاب كرد. آزموده جلاد و منفور که او را «آ یشمن ایران» نیز نامیدند از دادگاه
خواست تا محاكمه غیر علنی باشد، در حالی كه حتی محاكمه مصدق نیز علنی بود. سرانجام حكم فرمایشی
اعدام دكتر فاطمی صادر شد. رئیس دادگاه اولیه سرتیپ قطبی و رئیس دادگاه تجدید نظر سرلشكر مزین بود.
تقاضای فرجام نیز رد شد.
روحش شاد یادش گرامی